Esame con aniello
CIAO A TUTTI,VORREI SOSTENERE L'ESAME DI BIOLOGIA MOLECOLARE CON ANIELLO.MI HANNO DETTO CHE E' TRANQUILLO,QUALCUNO DEL FORUM CHE LO HA GIA' FATTO MI POTREBBE DIRE CON PRECISIONE DA DOVE HA STUDIATO E QUALI CAPITOLI STUDIARE?:confused:VI PREGO RISPONDETEMI,.....GRAZIE 1000!
Risposte
kmq sul libro genomi 3 nel capitolo come studiare il dna c'è scritto tutto ciò ke lui vuole sapere...compresi i legami e le varie differenze kn l'rna....
grazie, troverò qualcosa sul libro di chimica organica oltre che su genomi 3.
se non hai biokimica kiede la struttura delle proteine e di qualke amminoacido in particolare quelli basici facendo subito il collegamento con gli istoni...se nn hai chimica organica kiede la struttura del nucleotide e quindi ti fa disegnare un tratto di dna kiedendo anke le differenze x qnt riguarda lo zukkero con l'rna,e poi inizia a farti domande sulle caretteristike generale del dna e le sue varie strutture
ciao, io so che di biochimica chiede la struttura delle proteine, I-aria II-aria..ecc..lo trovi pure in genomi tre, in uno dei primi cap; per chimica org non ti posso aiutare...
Ragazzi io non ho chimica org e biochimica,sapete quali sono gli argomenti che mi chiede? per caso c'è qualche capitolo sul libro che si deve aggiungere o dove reperire il materiale?
Qualcuno mi sa dire se gli appunti che stanno da olivetti sono utili? Perchè è quasi un libro e costa 13 euro!! Ma sono appunti delle lezioni??? O cosa??? Io ho dato una sfogliata veloce ma sinceramente non mi sembrava nulla di quello che abbiamo fatto fino ad ora con il prof...
Qualcuno li ha trovati utili per superare l'esame? Perchè alla fine il prof chiede parte del programam che sul libro non c'è. In quegli appunti lo trovo?
Qualcuno li ha trovati utili per superare l'esame? Perchè alla fine il prof chiede parte del programam che sul libro non c'è. In quegli appunti lo trovo?
ciao allora ti consiglio di prendere il libro genomi 3, xkè secondo lui è il più completo... I capitoli da fare sono
1,2,3,4,6,8,9,10,11,13, poi ci sono delle fotocopie che ha olivetti. Il nuovo programma è qst:
Definizione di genoma, trascrittoma e proteoma. Organizzazione del DNA in procarioti ed in eucarioti e differenze nell’espressione genica. Organizzazione dei geni in procarioti ed eucarioti. Struttura chimica degli acidi nucleici (nucleotidi, basi purine e pirimidine), regole di Chargaff. Differenze tra DNA e RNA. Modello di Watson e Crick del DNA; legame fosfodiestere, N-glicosidico, legami ad idrogeno, parametri del passo dell’elica etc. Interazioni ad idrogeno ed idrofobiche sulla stabilità del DNA.
Stabilità degli acidi nucleici purificati in funzione del pH. Differenze tra la struttura del DNA B, A, Z. Variazioni dei parametri della struttura B del DNA, twist, roll, tilt, slide, cruciforme, slipped, tripla elica. Differenze tra endonucleasi ed esonucleasi. Relazione tra il % (G+C) di un DNA e la sua densità e temperatura di fusione. Coefficiente di estensione molare degli acidi nucleici ed effetto ipercromico. Complessità genomica o valore C e complessità genica.. Dimensione dei genomi in vari organismi, dimensioni del DNA mitocondriale, numero dei geni, densità genica, paradosso del valore C. Struttura genica degli eucarioti. Concetto di pseudogene. Tipi di sequenze nel genoma umano (sequenze uniche, mediamente ripetute ed altamente ripetute, alcuni esempi).
La cromatina e i suoi componenti. Nucleosoma e lunghezza del DNA associato, le classi degli istoni, ruolo biologico delle code N e C- terminale e le modifiche post-traduzionali. I vari livelli di compattazione della cromatina (Cromosomi). Significato delle varianti istoniche e casi di sostituzione con protammine. Struttura dei geni istonici e caratteristiche dei rispettivi mRNA per gli istoni dipendenti e non dal ciclo cellulare.
Tipi di elettroforesi per distinguere le varianti degli istoni (SDS, urea-acido acetico, urea acido acetico-triton, bidimensionale). Estrazione degli istoni dalle cellule con acido. Tipi di elettroforesi e tipi di centrifugazione per l’analisi di acidi nucleici e proteine. Supporto di acrilammide ed agarosio. Concetto di condizione native ( DNA e proteine) e denaturanti (DNA- piccoli a singolo filamento, condizioni di migrazione dell’ RNA in base al peso molecolare. Separazione di proteine: SDS per peso, urea acido acetico per carica ed urea acido acetico ed triton per idrofobicità. Uso del bromuro di etidio per gli acidi nucleici. Tipi di coloranti per proteine. Uso dello spettrofotometro per la quantificare gli acidi nucleici. Uso del Dounce e Potter per la preparazione dei componenti cellulari, esempio i nuclei, tipi di centrifugazione e tipi di gradiente, saccarosio e cloruro di cesio. Radioisotopi usati in biologia (β-emittenti). Emivita e tipi di unità di misura (Curie e Bequerel). Contatori a scintillazione liquida e contatori Geiger-Muller. Nozioni di autoradiografia e fluorografia.
La replicazione del DNA e sue caratteristiche fondamentali. Meselson e Stahl per la semiconservatività. Okazaki per la discontinuità. Perchè è semidiscontinua la sintesi del DNA? Bidirezionalità (virus SV40). Le DNA polimerasi in procarioti ed eucarioti. ORI di E. coli. Meccanismo di inizio, allungamento e termine. Alcuni casi particolari di meccanismi replicativi (Adenovirus e mitocondri). Telomeri e telomerasi. Topoisomerasi, tipi e ruolo.
Tipi di RNA nelle cellule procariotiche ed eucariotiche ed analisi di quantità e qualità. Condizione della corsa elettroforetica per RNA. Rivisitazione delle strutture proteiche. Codice genetico. Come si accede al genoma, architettura interna del nucleo eucariotico, i domini della cromatina, le modifiche della cromatina e l’espressione del genoma. Le modificazioni del DNA e silenziamento del genoma (metilazione del DNA ruolo biologico e modalità, tipi di attività e metodi per rivelare le sequenze metilate, idrolisi acida, isoschizomeri, metodo del bisolfito.
Assemblaggio del complesso di inizio della trascrizione. Tipi di proteine che legano sequenze del DNA. Interazioni proteina-proteina e DNA durante la trascrizione. Regolazione dell’inizio della trascrizione in procarioti ed eucarioti. Sintesi e maturazione degli RNA batterici ed eucariotici. Differenze funzionali delle RNA polimerasi nella trascrizione in procarioti e in eucarioti.
I problemi del controllo dell’espressione genica e del differenziamento in eucarioti e alcuni meccanismi risolutivi: fattori trascrizionali generali e specifici. Struttura dei promotori procariotici ed eucariotici- differenze. La traduzione e la sintesi proteica. Le amminoacil t-RNA sintetasi e loro meccanismo. Il ruolo del tRNA, del ribosoma nella sintesi proteica, maturazione post-traduzionale e degradazione delle proteine. Differenze nell’inizio della sintesi proteica in procarioti ed eucarioti. Allungamento e termine. La traducibilità del mRNA eucariotico.
Cenni sulla purificazione di RNA, DNA genomico e plasmidico. Determinazione della quantità e qualità degli acidi nucleici tramite lettura allo spettofotometro ed analisi su gel d’agarosio. Enzimi di restrizione e loro uso. Southern blot. Northen blot. Western blotting. PCR. RT-PCR. Preparazione e utilizzo di sonde. Tipi di marcatura delle sonde (nick translation, random primer, terminale e condizione di ibridazione. Metodi per la determinazione della sequenza dei DNA. Sintesi del cDNA. Caratteristiche dei vettori di clonaggio ed in particolare i plasmidi e i metodi di selezione. Concetto di genoteche e cDNAteche. Tecniche dell’interazione tra proteine e DNA (EMSA o ritardo su gel, footprinting). Vettori d’espressione procariotici ed eucariotici. Ibridazione in situ ed immunolocalizzazione.
Sxo d esserti stata d aiuto... e in bocca al lupo!!!
1,2,3,4,6,8,9,10,11,13, poi ci sono delle fotocopie che ha olivetti. Il nuovo programma è qst:
Definizione di genoma, trascrittoma e proteoma. Organizzazione del DNA in procarioti ed in eucarioti e differenze nell’espressione genica. Organizzazione dei geni in procarioti ed eucarioti. Struttura chimica degli acidi nucleici (nucleotidi, basi purine e pirimidine), regole di Chargaff. Differenze tra DNA e RNA. Modello di Watson e Crick del DNA; legame fosfodiestere, N-glicosidico, legami ad idrogeno, parametri del passo dell’elica etc. Interazioni ad idrogeno ed idrofobiche sulla stabilità del DNA.
Stabilità degli acidi nucleici purificati in funzione del pH. Differenze tra la struttura del DNA B, A, Z. Variazioni dei parametri della struttura B del DNA, twist, roll, tilt, slide, cruciforme, slipped, tripla elica. Differenze tra endonucleasi ed esonucleasi. Relazione tra il % (G+C) di un DNA e la sua densità e temperatura di fusione. Coefficiente di estensione molare degli acidi nucleici ed effetto ipercromico. Complessità genomica o valore C e complessità genica.. Dimensione dei genomi in vari organismi, dimensioni del DNA mitocondriale, numero dei geni, densità genica, paradosso del valore C. Struttura genica degli eucarioti. Concetto di pseudogene. Tipi di sequenze nel genoma umano (sequenze uniche, mediamente ripetute ed altamente ripetute, alcuni esempi).
La cromatina e i suoi componenti. Nucleosoma e lunghezza del DNA associato, le classi degli istoni, ruolo biologico delle code N e C- terminale e le modifiche post-traduzionali. I vari livelli di compattazione della cromatina (Cromosomi). Significato delle varianti istoniche e casi di sostituzione con protammine. Struttura dei geni istonici e caratteristiche dei rispettivi mRNA per gli istoni dipendenti e non dal ciclo cellulare.
Tipi di elettroforesi per distinguere le varianti degli istoni (SDS, urea-acido acetico, urea acido acetico-triton, bidimensionale). Estrazione degli istoni dalle cellule con acido. Tipi di elettroforesi e tipi di centrifugazione per l’analisi di acidi nucleici e proteine. Supporto di acrilammide ed agarosio. Concetto di condizione native ( DNA e proteine) e denaturanti (DNA- piccoli a singolo filamento, condizioni di migrazione dell’ RNA in base al peso molecolare. Separazione di proteine: SDS per peso, urea acido acetico per carica ed urea acido acetico ed triton per idrofobicità. Uso del bromuro di etidio per gli acidi nucleici. Tipi di coloranti per proteine. Uso dello spettrofotometro per la quantificare gli acidi nucleici. Uso del Dounce e Potter per la preparazione dei componenti cellulari, esempio i nuclei, tipi di centrifugazione e tipi di gradiente, saccarosio e cloruro di cesio. Radioisotopi usati in biologia (β-emittenti). Emivita e tipi di unità di misura (Curie e Bequerel). Contatori a scintillazione liquida e contatori Geiger-Muller. Nozioni di autoradiografia e fluorografia.
La replicazione del DNA e sue caratteristiche fondamentali. Meselson e Stahl per la semiconservatività. Okazaki per la discontinuità. Perchè è semidiscontinua la sintesi del DNA? Bidirezionalità (virus SV40). Le DNA polimerasi in procarioti ed eucarioti. ORI di E. coli. Meccanismo di inizio, allungamento e termine. Alcuni casi particolari di meccanismi replicativi (Adenovirus e mitocondri). Telomeri e telomerasi. Topoisomerasi, tipi e ruolo.
Tipi di RNA nelle cellule procariotiche ed eucariotiche ed analisi di quantità e qualità. Condizione della corsa elettroforetica per RNA. Rivisitazione delle strutture proteiche. Codice genetico. Come si accede al genoma, architettura interna del nucleo eucariotico, i domini della cromatina, le modifiche della cromatina e l’espressione del genoma. Le modificazioni del DNA e silenziamento del genoma (metilazione del DNA ruolo biologico e modalità, tipi di attività e metodi per rivelare le sequenze metilate, idrolisi acida, isoschizomeri, metodo del bisolfito.
Assemblaggio del complesso di inizio della trascrizione. Tipi di proteine che legano sequenze del DNA. Interazioni proteina-proteina e DNA durante la trascrizione. Regolazione dell’inizio della trascrizione in procarioti ed eucarioti. Sintesi e maturazione degli RNA batterici ed eucariotici. Differenze funzionali delle RNA polimerasi nella trascrizione in procarioti e in eucarioti.
I problemi del controllo dell’espressione genica e del differenziamento in eucarioti e alcuni meccanismi risolutivi: fattori trascrizionali generali e specifici. Struttura dei promotori procariotici ed eucariotici- differenze. La traduzione e la sintesi proteica. Le amminoacil t-RNA sintetasi e loro meccanismo. Il ruolo del tRNA, del ribosoma nella sintesi proteica, maturazione post-traduzionale e degradazione delle proteine. Differenze nell’inizio della sintesi proteica in procarioti ed eucarioti. Allungamento e termine. La traducibilità del mRNA eucariotico.
Cenni sulla purificazione di RNA, DNA genomico e plasmidico. Determinazione della quantità e qualità degli acidi nucleici tramite lettura allo spettofotometro ed analisi su gel d’agarosio. Enzimi di restrizione e loro uso. Southern blot. Northen blot. Western blotting. PCR. RT-PCR. Preparazione e utilizzo di sonde. Tipi di marcatura delle sonde (nick translation, random primer, terminale e condizione di ibridazione. Metodi per la determinazione della sequenza dei DNA. Sintesi del cDNA. Caratteristiche dei vettori di clonaggio ed in particolare i plasmidi e i metodi di selezione. Concetto di genoteche e cDNAteche. Tecniche dell’interazione tra proteine e DNA (EMSA o ritardo su gel, footprinting). Vettori d’espressione procariotici ed eucariotici. Ibridazione in situ ed immunolocalizzazione.
Sxo d esserti stata d aiuto... e in bocca al lupo!!!
Prova a chiedere in dipartimento se c'è un programma aggiornato perchè su internet questo è l'unico
Scusami, cercavo anche io il programma. Ma questo sta nella sezione Biologia molecolare I per le vecchie matricole. Può darsi che sia diverso dal nostro... E per di più sta scritto 2002/2003, mi sa che il professore è da un pò che non accede al sito...... ihihih
Il programma di studio è sul sito docenti (quello vecchio)
didattica
C'è anche del materiale, non è molto ma potrebbe essere utile, è sempre nella sua pagina, sezione download
download
Se i link non funzionano, ecco il programma
ARGOMENTI PER IL CORSO DI BIOLOGIA MOLECOLARE NEL CORSO DI LAUREA IN SCIENZE BIOLOGICHE Anno Accademico 2002-2003
1- METODI DI STUDIO IN BIOLOGIA MOLECOLARE
Tecniche: Tipi di elettroforesi e tipi di centrifugazione per l’analisi di acidi nucleici e proteine. Southern, Northern, Western blotting. Spettroscopia. PCR e RT-PCR. Enzimi di restrizione. Preparazione e utilizzo di sonde. Tipi di marcatura delle sonde e condizione di ibridazione. Vettori di clonaggio e genoteche. Metodi per la determinazione della sequenza dei DNA. Fondamenti sulla preparazione ed uso di animali transgenici.
Applicazioni: Analisi dell’interazione tra proteine e DNA (EMSA, footprinting). Struttura e analisi di un gene (eventuali mutazioni) e dei segnali di controllo. RFLP, SSLP, SNP, STS, FISH.
2- I COMPONENTI DEL GENOMA, LORO CARATTERISTICHE E ORGANIZZAZIONE
Il DNA : Struttura chimica del DNA. Strutture generali e locali (tipo A, B, Z) e loro condizione di esistenza. Relazione tra il % (G+C) di un DNA e la sua densità e la temperatura di fusione. Organizzazione del geni in procarioti ed eucarioti.Genomi degli organelli.La metilazione del DNA. Imprint.
La cromatina: I cromosomi. Lo scaffold, gli istoni e loro modifiche, le topoisomerasi, localizzazione e ruoli.
3-I MECCANISMI BIOLOGICI FONDAMENTALI
a- La replicazione del DNA e sue caratteristiche fondamentali. Esperimenti di Okazaki: discontinuità e semidiscontinuità nella sintesi del DNA; Bidirezionalità. Le DNA polimerasi. ORI di E. coli. Meccanismo di inizio, allungamento e termine. La decisione di replicazione in eucarioti superiori. La riparazione del DNA. Alcuni casi particolari di meccanismi replicativi (Adenovirus e mitocondri). Telomeri e telomerasi.
b- Struttura chimica del RNA. Vari tipi di RNA. Differenze funzionali nella trascrizione in procarioti e in eucarioti. Le RNA polimerasi: come operano nei due casi per la selezione dell’inizio della trascrizione. I problemi del controllo dell’espressione genica e del differenziamento in eucarioti e alcuni meccanismi risolutivi: fattori trascrizionali generali e specifici. La maturazione dei trascritti con prodotto finale RNA. Maturazione dei trascritti generanti mRNA in eucarioti.
c- La traduzione. L’attivazione degli amminoacidi. Le amminoacil t-RNA sintetasi e loro meccanismo. Codice genetico.
d- La sintesi proteica. Componenti del meccanismo. Differenze nell’inizio della sintesi proteica in procarioti ed eucarioti. Allungamento e termine. La traducibilità del mRNA eucariotico.
e- L’apoptosi. Meccanismo e significato funzionale. Ciclo cellulare.
4- ALCUNI ESEMPI DI ORGANIZZAZIONE GENICA E DEL LORO FUNZIONAMENTO
a- Le emoglobine. Cellule staminali ed ES. b- La risposta immune.
5- I RETROVIRUS
Concetto di oncogene virale e cellulare. Cos’è il cancro.
Esercitazioni:PCR e mappe di restrizione; Principi di estrazione e manipolazione di acidi nucleici, di proteine e dei particolati subcellulari; Utilizzo di sofware per analisi semplici di proteine e acidi nucleici.
didattica
C'è anche del materiale, non è molto ma potrebbe essere utile, è sempre nella sua pagina, sezione download
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Se i link non funzionano, ecco il programma
ARGOMENTI PER IL CORSO DI BIOLOGIA MOLECOLARE NEL CORSO DI LAUREA IN SCIENZE BIOLOGICHE Anno Accademico 2002-2003
1- METODI DI STUDIO IN BIOLOGIA MOLECOLARE
Tecniche: Tipi di elettroforesi e tipi di centrifugazione per l’analisi di acidi nucleici e proteine. Southern, Northern, Western blotting. Spettroscopia. PCR e RT-PCR. Enzimi di restrizione. Preparazione e utilizzo di sonde. Tipi di marcatura delle sonde e condizione di ibridazione. Vettori di clonaggio e genoteche. Metodi per la determinazione della sequenza dei DNA. Fondamenti sulla preparazione ed uso di animali transgenici.
Applicazioni: Analisi dell’interazione tra proteine e DNA (EMSA, footprinting). Struttura e analisi di un gene (eventuali mutazioni) e dei segnali di controllo. RFLP, SSLP, SNP, STS, FISH.
2- I COMPONENTI DEL GENOMA, LORO CARATTERISTICHE E ORGANIZZAZIONE
Il DNA : Struttura chimica del DNA. Strutture generali e locali (tipo A, B, Z) e loro condizione di esistenza. Relazione tra il % (G+C) di un DNA e la sua densità e la temperatura di fusione. Organizzazione del geni in procarioti ed eucarioti.Genomi degli organelli.La metilazione del DNA. Imprint.
La cromatina: I cromosomi. Lo scaffold, gli istoni e loro modifiche, le topoisomerasi, localizzazione e ruoli.
3-I MECCANISMI BIOLOGICI FONDAMENTALI
a- La replicazione del DNA e sue caratteristiche fondamentali. Esperimenti di Okazaki: discontinuità e semidiscontinuità nella sintesi del DNA; Bidirezionalità. Le DNA polimerasi. ORI di E. coli. Meccanismo di inizio, allungamento e termine. La decisione di replicazione in eucarioti superiori. La riparazione del DNA. Alcuni casi particolari di meccanismi replicativi (Adenovirus e mitocondri). Telomeri e telomerasi.
b- Struttura chimica del RNA. Vari tipi di RNA. Differenze funzionali nella trascrizione in procarioti e in eucarioti. Le RNA polimerasi: come operano nei due casi per la selezione dell’inizio della trascrizione. I problemi del controllo dell’espressione genica e del differenziamento in eucarioti e alcuni meccanismi risolutivi: fattori trascrizionali generali e specifici. La maturazione dei trascritti con prodotto finale RNA. Maturazione dei trascritti generanti mRNA in eucarioti.
c- La traduzione. L’attivazione degli amminoacidi. Le amminoacil t-RNA sintetasi e loro meccanismo. Codice genetico.
d- La sintesi proteica. Componenti del meccanismo. Differenze nell’inizio della sintesi proteica in procarioti ed eucarioti. Allungamento e termine. La traducibilità del mRNA eucariotico.
e- L’apoptosi. Meccanismo e significato funzionale. Ciclo cellulare.
4- ALCUNI ESEMPI DI ORGANIZZAZIONE GENICA E DEL LORO FUNZIONAMENTO
a- Le emoglobine. Cellule staminali ed ES. b- La risposta immune.
5- I RETROVIRUS
Concetto di oncogene virale e cellulare. Cos’è il cancro.
Esercitazioni:PCR e mappe di restrizione; Principi di estrazione e manipolazione di acidi nucleici, di proteine e dei particolati subcellulari; Utilizzo di sofware per analisi semplici di proteine e acidi nucleici.
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